水利建设基金有两种计算方法。第一种是按照销售收入的一定比例来计提和交纳，比例因省市不同而异，如湖南省为0.06%。第二种是依据实际缴纳的增值税、消费税的税额来计税，例如山东省的企事业单位和个体经营者需按照此方式。自2017年6月1日至2020年12月31日，山东的地方水利建设基金减半征收。各省市税务局负责征收行政区域内从事生产、经营的单位和个人应缴纳的水利建设基金。
水利建设基金的计算主要依据销售收入和增值税、消费税的实际缴纳额。具体有两种计算方法：
方法一：基于销售收入的计算
1.水利建设基金的计税依据是不含税收入。这意味着计算水利建设基金时，应当使用销售收入扣除相应的税费后的金额。
2.水利建设基金应按照销售收入的0.1%来计提和交纳。但具体的征收比例会因各省份而异，如湖南省的征收比例为0.06%，而浙江省则为0.01%。值得注意的是，根据浙江省财政厅和税务局的规定，自2016年11月1日起暂停向企事业单位和个体经营者征收地方水利建设基金。各省市的税务局负责征收行政区域内从事生产、经营的单位和个人的水利建设基金。
方法二：基于增值税和消费税实际缴纳额的计算
除了基于销售收入的计算方法外，水利建设基金的计税依据还可以按照增值税、消费税实际缴纳额来计算。在山东省行政区域内缴纳增值税、消费税的企事业单位和个体经营者，以其实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据，与对应的增值税、消费税同时向税务机关办理地方水利建设基金申报。同时，自2017年6月1日至2020年12月31日，这部分基金享受减半征收的优惠，即征收比例由原先的1%调整为0.5%。
水利建设基金的计算方法与具体的省份及政策有关，企业在计算时应当根据所在地的具体规定进行操作。
