罕见病药品进口增值税计算缴纳的方式是，增值税一般纳税人生产销售和进口这些药品时，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。例如，某企业销售罕见病药品制剂，销售收入103万元，应该缴纳增值税为3万元。这种计算方式降低了罕见病药品流通环节的成本，对病患者更为有利。
针对罕见病药品的进口增值税计算缴纳，主要涉及以下几个方面：
一、增值税征收率及适用对象
增值税小规模纳税人及特定情况下的一般纳税人会选择简易计税方式。对于生产销售或进口的罕见病药品，也常采用简易计税方式，适用3%的征收率来计算增值税。此类规定主要是为了鼓励或简化特定项目的税务处理。
二、具体政策公告
1.2020年相关公告：
《财政部、海关总署、税务总局、药监局关于发布第二批适用增值税政策的抗癌药品和罕见病药品清单的公告》(2020年第39号)明确，对于注射用重组人干扰素β-1b、特立氟胺片等14种罕见病药品制剂，可以选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。
2.2019年相关通知：
《财政部、海关总署、税务总局、药监局关于罕见病药品增值税政策的通知》(财税〔2019〕24号)规定，涉及波生坦片、安立生坦片等21种罕见病药品制剂以及波生坦、吡非尼酮等4种罕见病药品原料药。对进口上述罕见病药品，均减按3%征收进口环节增值税。
三、实际案例解析
以某增值税一般纳税人生产销售注射用重组人干扰素β-1b、特立氟胺片等抗癌药品制剂为例，若销售收入为103万元，企业选择按照简易办法计税并单独核算罕见病药品的销售额。那么，应缴纳的增值税为：103/(1+3%)×3%=3万元。这样的计算方式显然降低了罕见病药品流通环节的成本，对患者更为有利。
对于罕见病药品的进口增值税计算缴纳，主要依据相关政策和规定进行。选择简易计税方式并适用较低的征收率，有助于减轻企业和患者的负担，更好地满足民生需求。
