纳税人将外购物资用于在建工程时，会计分录的处理方式取决于物资用途。若外购商品用于购建机器设备等生产经营固定资产，会计上按成本结转，税法上不做进项税额转出，分录为借：在建工程，贷：库存商品。若外购商品用于购建办公楼等不动产，会计上同样按成本结转，但税法上做进项税额转出，分录为借：在建工程，贷：库存商品、应交税费——应交增值税(进项税额转出)。
当纳税人将外购物资用于在建工程时，会计分录的处理方式取决于物资的具体用途以及相关的税务规定。以下是关于此问题的详细解答：
一、领用外购商品用于在建工程
1.用于生产经营固定资产（如购建机器设备）的情况：
当纳税人将外购商品用于如机器设备等生产经营固定资产的建设时，在会计上，按照成本进行结转；在税法上，不需要做进项税额的转出。具体的会计分录为：
借：在建工程
贷：库存商品
2.用于不动产（如办公楼）建设的情况：
对于像办公楼这样的不动产建设，会计上依然按照成本进行结转，但在税法上需要做进项税额的转出。具体的会计分录为：
借：在建工程
贷：库存商品
应交税费——应交增值税（进项税额转出）
二、税务与会计处理的差异
在上述两种情况中，会计处理和税务处理存在差异。对于用于生产经营固定资产的物资，会计和税法上的处理较为一致；而对于不动产建设，税法上需要做进项税额的转出，这是与会计处理的主要差异点。
三、注意事项
纳税人在处理此类业务时，应充分了解相关税务规定，确保正确处理会计分录，避免不必要的税务风险。随着税收政策的变化，纳税人还需及时关注最新的税务规定，以确保业务的合规性。
纳税人将外购物资用于在建工程的会计处理需根据物资的具体用途遵循相应的会计准则和税务规定。正确的分录处理有助于企业合规运营，降低税务风险。
