在计算土地增值税时，借款利息的扣除分为两种情况。如果能按转让房地产项目计算分摊利息并提供金融机构证明，允许据实扣除，但最高不能超过商业银行同期贷款利率。不能提供证明或无法分摊的，利息支出不得单独计算，应并入房地产开发费用中一并计算扣除。具体扣除比例由省级政府规定。
在计算土地增值税时，对于利息支出的扣除，税法采取了较为宽松的处理方法。具体分为以下两种情况：
一、如果能按转让房地产项目计算分摊利息并提供金融机构证明
对于能提供相关证明的情况，允许据实扣除利息支出，但最高不能超过按商业银行同期贷款利率计算的金额。超过贷款期限的利息和加罚的利息均不允许扣除。此时的房地产开发费用计算公式为：房地产开发费用=（取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本金额）X扣除比例（5%以下）+允许扣除的利息费用。
二、如果不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明
对于无法提供证明的情况，利息支出不得单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。此时的房地产开发费用计算公式为：房地产开发费用=（取得土地使用权支付的金额+房地产开发成本金额）X扣除比例（10%以下）。
具体扣除比例由省级人民政府规定。国家税务总局关于土地增值税清算的有关通知也对此进行了规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，同样允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用的扣除标准也有所规定。
借款利息在土地增值税中的扣除方式受到严格的税法规定，具体扣除方法和比例要根据实际情况进行确定，并需遵循相关税法法规和通知要求。
