存货毁损进项税额的会计处理取决于原因。因非正常原因导致的存货盘亏或毁损，不能抵扣的增值税进项税额应当予以转出；若是自然灾害造成的外购存货毁损，其进项税可以抵扣，不需转出。总之，处理存货毁损进项税额时，需根据具体情况进行会计处理。
当存货发生毁损时，增值税进项税额的处理需根据具体原因进行不同的会计处理。
一、非正常原因导致的存货盘亏或毁损
因非正常原因导致的存货毁损，如管理不善造成的被盗、丢失、霉变等，其已抵扣的增值税进项税额需要转出，不得抵扣。这种情况下，需要进行以下会计处理：
1.借：待处理财产损溢——待处理流动资产损益
贷：原材料（或库存商品）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
二、自然灾害造成的外购存货毁损
如果存货毁损是由于自然灾害等不可抗力因素造成，如台风、地震等，其进项税额是可以抵扣的，不需要转出。此时的会计处理为：
1.借：营业外支出
贷：原材料（或库存商品）
需要注意的是，对于自然灾害造成的存货毁损，仍需要按照实际损失情况进行申报，并在企业所得税年度汇算清缴时进行纳税调整。
对于存货毁损进项税额的会计处理，需根据毁损原因进行区分处理。因非正常原因导致的存货毁损，其进项税额需转出；而因自然灾害等不可抗力因素造成的存货毁损，其进项税额可抵扣。在进行会计处理时，还需注意相关税务规定，确保账务处理的准确性。
