申请退税的流程包括：确认所属期，导入处理认证发票信息，录入出口明细申报数据和进货明细申报数据，审核三项信息的关联检查，确认明细申报数据，录入退税汇总表及生成退税申报数据。预申报通过后，打印申报文件前往税务大厅进行申报。在申请退税时，需按照《国家税务总局关于外商投资企业的外国投资者再投资退税若干问题的通知》提供能够确认其用于再投资利润所属年度的证明。
一、申请退税的流程
1.确认所属期：首先需要确认申报的是哪个期间的出口业务。
2.导入及处理认证发票信息：对相关的认证发票进行整理并导入系统。
3.录入出口明细申报数据：详细录入每一笔出口的明细数据。
4.录入进货明细申报数据：录入与出口商品相关的进货明细数据。
5.审核三项信息的关联检查：主要审核进货出口数量、换汇成本和申报数据的一致性。
6.确认明细申报数据：对录入的明细数据进行最后确认。
7.录入退税汇总表及生成退税申报数据。
8.通过国税电子税务局纳税人端进行退税预申报，预申通过后打印申报文件，并前往税务大厅进行申报。
二、相关法律依据
《国家税务总局关于外商投资企业的外国投资者再投资退税若干问题的通知》细则第八十条第二款规定，外国投资者在申请再投资退税时，需要提供能够确认其用于再投资利润所属年度的证明。如果无法提供此证明，税务机关会根据企业账面情况，从最早年度开始依次推算再投资利润的所属年度，并据此计算应退还的企业所得税税款。
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