增值税进项发票认证的方式主要包括网上认证和现场认证。网上认证是通过国税局网站进行，需要下载认证软件并用国税局给的密钥安装，通过扫描仪将发票扫描传送至国税局，片刻即可得到认证回复。现场认证则是前往国税局进行认证。认证的发票进项税方可抵扣。同时，还有其他发票如运输发票、海关进口增值税发票的抵扣方式。但报税流程中抄报税和认证不是同一回事，是金税工程所属开票、认证两个系统的工作。
1.网上认证：
现在主要采用的认证方式是网上认证。企业在取得增值税进项专用发票后，应在180天内进行认证。认证过程是通过国税局网站进行，企业需要下载网上认证软件，并使用国税局提供的密钥进行安装。通过扫描仪将发票扫描后，上传至国税局系统，很快就可以得到认证的回复。
2.非网上认证方式：
除了网上认证，还有一些其他的发票如运输发票和海关进口增值税发票的抵扣不能直接在网上认证，但需要进行数据采集。企业需要下载税务数据采集通用软件，将相关数据输入并拷贝至U盘，在报税时带到国税局进行抵扣。
增值税进项发票的抄报税也是每个月必须完成的工作，属于增值税防伪税控系统的开票、认证两个系统的工作环节之一。抄报税操作包括报税、抄税和认证三个步骤。企业需要在每月的抄税期内，将金税卡插入与税控机连接的电脑，通过开票软件进行抄税。
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