公允价值变动损益余额的处理方式如下：在资产负债表日，企业按交易性金融资产的公允价值高于其账面余额的差额，记入相应科目并贷记本科目；若公允价值低于其账面余额，则做相反的会计分录。对于出售交易性金融资产和以公允模式进行后续计量的投资性房地产，需结转相关科目余额，包括投资收益和其他业务收入等。可供出售金融资产公允价值变动应计入其他综合收益，不在此科目核算。
一、科目核算范围
该科目主要核算企业在初始确认时划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或金融负债，包括交易性金融资产或金融负债和直接指定为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或金融负债，以及以公允模式进行后续计量的投资性房地产。
二、主要账务处理
1.资产负债表日处理：
在资产负债表日，企业应根据交易性金融资产的公允价值与其账面余额的差额进行会计处理。如果公允价值高于账面余额，应借记“交易性金融资产--公允价值变动”或“投资性房地产--公允价值变动”科目，同时贷记本科目（公允价值变动损益）。相反，如果公允价值低于账面余额，则进行相反的会计分录。
2.金融资产或投资性房地产出售时的处理：
出售交易性金融资产时，按实际收到的金额借记“银行存款”等科目，按其账面余额贷记“交易性金融资产--成本、公允价值变动”科目。同时，根据“公允价值变动损益”科目的余额进行相应借记或贷记操作，并贷记或借记“投资收益”科目。
处置以公允模式进行后续计量的投资性房地产时，应借记“银行存款”等科目，贷记“其他业务收入”；同时借记“其他业务成本”，贷记“投资性房地产--成本、公允价值变动”科目。还需结转投资性房地产累积的公允价值变动，若存在原转换日计入“其他综合收益”的金额，也应一并结转。
三、不在此科目核算的内容
可供出售金融资产公允价值变动不计入此科目，而应计入“其他综合收益”。
对于公允价值变动损益余额的处理，需根据具体情况进行会计处理，确保准确记录并反映企业的财务状况。
