通行费发票申报抵扣增值税的方式如下：纳税人支付的道路、桥、闸通行费，可凭通行费发票注明的收费金额计算可抵扣的进项税额。对于高速公路通行费，可抵扣进项税额的计算公式为：通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%；一级、二级公路通行费的可抵扣进项税额计算公式为：通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%。桥、闸通行费的可抵扣进项税额也按照相应公式计算。以上解答仅供参考，如需了解更多会计实操、税收实务问题，可咨询专业人士。
一、财税〔2017〕90号第七条规定
自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费可以按照以下规定抵扣进项税额。
二、具体抵扣方式
1.纳税人支付的道路通行费：
按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额进行抵扣。
2.高速公路通行费抵扣方式：
2018年1月1日至6月30日，若暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票（不含财政票据）上注明的收费金额，按照特定公式计算可抵扣的进项税额。计算公式为：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%。
3.一级、二级公路通行费抵扣方式：
2018年1月1日至12月31日，如未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭通行费发票按照特定公式计算可抵扣的进项税额。计算公式为：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%。
三、桥、闸通行费的抵扣方式
暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额，按照特定公式计算可抵扣的进项税额。计算公式为：桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%。
四、通知中的通行费定义
本通知所称的通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
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