增值税附加申报作废的原因包括：填写的增值税申报表数字与实际数字不符且未提交、网上税务局故障、办税大厅税种认定错误等。对于已提交并扣款的申报，需前往办税大厅处理。若因多交附加税需退税，需填写申请书并经过多层审批。审批完成后，税款可返回到企业账户。
一、数字填写错误
在进行增值税申报时，如果填写的数字存在错误，无论是大于还是小于实际数字，且尚未提交的情况下，可以在网上税务局进行作废操作。这种情况下，附加税也会相应作废。
二、税种认定错误
如果在办税大厅的税种认定出现错误，那么增值税附加申报也需要进行作废。此类情况需由办税大厅处理。
三、网上税务局故障
如果网上税务局出现故障，导致无法正常进行增值税及附加申报，此时也需要前往办税大厅进行作废操作。
四、代开专票情况
如果存在代开专票的情况，报税时系统提取的数据可能不包括代开专票内的增值税，这时可能需要作废附加税并重新填写。系统要求填写作废理由时，应详细说明情况。
对于多交的附加税费如何处理的问题，由于附加税费是以增值税为基数计算的，所以如果增值税需要调整退税，附加税费也需要同步调整和退回。退税过程相对复杂，需填写申请书，并经税务局多级审批以及国库相关部门的审批，最终将税款返回到企业的扣税账户。
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