针对发票已经做账但要退款的问题，作为取得发票的一方，可以归还发票给原单位，同时根据新的补充协议，使用复印的发票联代替原件，并附情况说明。对于开出发票的一方，可以开具红字冲销，再开具新的发票。增值税发票需要开退税折让证明或反开票。处理时需保留业务变更过程的记录，以便税务检查。以上解答适用于普通发票的处理。
当发票已经做账但需要进行退款时，处理起来需要一定的程序和注意事项。以下是详细的解答：
一、对于取得发票的一方：
1.归还发票：由于退款需要将发票归还给原单位，造成原来的凭证失去了原始单据。
2.复印与盖章：财务可以根据新的补充协议，将已经入帐的发票联复印一份，并由原单位加盖财务专用章或发票专用章。用这份复印件代替原件，同时附上情况说明。
3.冲销与重新做凭证：等新开的发票到达财务后，将原来记录发生业务的凭证全部冲销，同时，将新发票视同新的业务重新做凭证。这样，在税务检查时，可以清晰地展示业务的变更过程，避免不必要的麻烦。
二、对于开出发票的一方：
1.红字冲销：可以凭退回的发票联，开红字冲销。
2.重新开票：在红字冲销后，再开具新的发票。
三、关于增值税发票的处理：
对于增值税发票，由于流程更为复杂，需要到税务机关开退税折让证明或者是反开票。这样可以确保操作的合规性并避免风险。在实际工作中也得到了当地税务的认可和支持。值得注意的是，以上方法仅限于普通发票的处理。增值税发票的处理方式略有不同。在实际操作中，还需根据具体情况进行灵活处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您想了解更多关于会计实操和税收实务的问题，可以关注相关公众号或加入会计实务交流群进行交流和学习。
