发票系统维护费应做分录为：企业购入增值税税控系统专用设备支付的费用，借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。发生技术维护费，借记“管理费用”等科目，贷记“银行存款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，在“应交税费-应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，并借记该科目，贷记“递延收益”或“管理费用”等科目。定期计提折旧也需相应处理。
对于发票系统维护费的处理，首先需要明确的是，增值税一般纳税人初次购买的增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费，在税法规定下是可以在增值税应纳税额中全额抵减的。这些费用需要进行特定的分录处理。
一、购入增值税税控系统专用设备时的分录处理
当企业购入增值税税控系统专用设备时，应按照实际支付或应付的金额进行会计处理。具体为：借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
二、抵减增值税应纳税额的处理
按规定抵减的增值税应纳税额，需要进行特定的分录处理。应借记“应交税费——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“递延收益”科目。
三涉及技术维护费的分录处理
企业发生技术维护费时，按照实际支付或应付的金额进行会计处理。具体为：借记“管理费用”等科目，贷记“银行存款”等科目。同时，抵减的增值税应纳税额也需要进行相应的会计处理，即借记“应交税费——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“管理费用”等科目。
四、关于折旧计提的处理
对于已经计入固定资产的税控系统设备，需要按期计提折旧。具体处理为：借记“管理费用”等科目，贷记“累计折旧”科目。同时，为了平衡财务账面，还需要将递延收益转销，即借记“递延收益”科目，贷记“管理费用”等科目。
发票系统维护费的会计处理需要根据税法的规定以及企业的实际情况进行分录处理，确保会计记录的准确性。
