公允价值变动损益余额的处理方式如下：企业应在资产负债表日根据交易性金融资产的公允价值变动进行核算，若公允价值高于账面余额，则相应科目借记账面，反之则做相反分录。对于出售交易性金融资产及以公允模式后续计量的投资性房地产，应结转相关成本和收益，并处理公允价值变动。同时，可供出售金融资产公允价值变动应计入“其他综合收益”。
一、科目核算范围
该科目主要核算企业在初始确认时划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或金融负债，包括交易性金融资产或金融负债和直接指定为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或金融负债，以及采用公允模式进行后续计量的投资性房地产。
二、明细核算
企业应对本科目按照交易性金融资产、交易性金融负债等进行明细核算，以便清晰了解各类资产和负债的公允价值变动情况。
三、主要账务处理
1.资产负债表日处理：
在资产负债表日，企业应根据交易性金融资产的公允价值与其账面余额的差额进行会计处理。如果公允价值高于账面余额，应借记“交易性金融资产--公允价值变动”或“投资性房地产--公允价值变动”科目，同时贷记本科目；反之，则做相反的会计分录。
2.出售交易性金融资产处理：
当出售交易性金融资产时，企业应按实际收到的金额借记“银行存款”等科目，按其账面余额贷记“交易性金融资产--成本、公允价值变动”科目。同时，根据“公允价值变动损益”科目的余额，进行借记或贷记本科目，并贷记或借记“投资收益”科目。
3.处置投资性房地产处理：
处置采用公允模式进行后续计量的投资性房地产时，应借记“银行存款”等科目，贷记“其他业务收入”；同时，借记“其他业务成本”，贷记“投资性房地产--成本、公允价值变动”科目。还需结转投资性房地产累积公允价值变动，若存在原转换日计入“其他综合收益”的金额，应一并结转。
四、特别提示
可供出售金融资产公允价值变动应计入“其他综合收益”，不在此科目核算。
对于公允价值变动损益余额的处理，企业需根据具体情况进行会计处理，确保财务报表的准确性和完整性。
