自查补缴税款时，税率是按照适用税率来计算的。纳税检查应补缴的税额是由税务稽查局检查出来的税款专用税务处理决定书所决定的。这意味着自查补缴的税款不是简单地按照当前税率计算，而是根据税务稽查结果和相应的税务处理决定书来确定。
在实际操作中，增值税纳税申报表的填写方法对于自查补缴税款的处理有特定的规定。自查收入应填到第4栏“纳税检查调整的销售额”，而自查税款则加到第11行“销项税额”、第16行“按适用税率计算的纳税检查应补缴税额”以及第17行“应抵扣税额合计”。通过这种方式，申报表能够清晰地反映出补记收入这一块，税款则通过销项和进项的填写进行相抵，以避免重复计算应纳税额。
值得注意的是，查补的税款需要单独交纳。在申报过程中，只需关注补记收入部分的处理，而税款的计算则通过填写相应的行项进行相抵。这样的处理方式旨在确保税款的准确计算，避免重复计税的情况发生。
自查补缴税款时的税率是按照适用税率来计算的，具体处理方式和税率应根据税务稽查结果和相应的税务处理决定书来确定。在填写申报表时，需按照规定的步骤和格式进行操作，以确保税款的准确计算和合规申报。
