增值税扣税凭证包括增值税专用发票、海关完税凭证、免税农产品的收购或销售发票，以及部分实施“营改增”地区的运输业增值税发票。另外，自2011年12月1日起，购买增值税税控系统专用设备支付的费用和技术维护费也可抵扣。一般纳税人必须在180日内认证需要抵扣的发票，进口货物应在开具之日起90日内申报抵扣。小规模纳税人则不允许抵扣。
一、增值税专用发票
增值税专用发票是增值税扣税凭证中最为常见的一种。它是纳税人之间购销货物、提供劳务等增值服务的凭证，也是扣税的主要依据。
二、海关完税凭证
对于进口货物，海关完税凭证是增值税扣税凭证之一。纳税人需要在开具之日起90日后的第一个纳税申报期结束前向主管税务机关申报抵扣。
三、免税农产品的收购发票或销售发票
对于涉及免税农产品的交易，相应的收购发票或销售发票也是增值税扣税凭证之一。
四、货物运输业统一发票或相关地区的运输业增值税发票
货物运输发票是证明纳税人提供货物运输服务的凭证，也是扣税的依据之一。
根据财税[2012]15号通知，自2011年12月1日起，增值税纳税人购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费也可在增值税应纳税额中全额抵减。购入增值税税控系统的增值税专用发票以及税控软件维护费的地税发票也可以作为抵扣凭证。
在抵扣过程中，一般纳税人需要注意以下时间条件：申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票以及其他需要认证抵扣的发票，必须自该专用发票开具之日起180日内认证，否则不予抵扣进项税额。
增值税扣税凭证是纳税人进行税款抵扣的重要依据，不同类型的纳税人在使用这些凭证时需要根据自身情况进行选择和操作，同时严格遵守相关规定，确保税收工作的顺利进行。
