针对控股子公司破产母公司借款的处理方式，需遵循《企业会计制度》和相关会计准则的规定。与关联方之间的应收款项不能全额计提坏账准备，但如果确实无法收回或有确凿证据表明关联方已撤销、破产等，可全额计提坏账准备。在计算应纳税所得额时，未经核定的准备金支出不得扣除，需做相应的纳税调整。母子公司之间的往来款项符合特定条件时可计提坏账准备。
当控股子公司破产时，母公司的借款处理需依据相关法规和企业会计制度进行。具体处理方式如下：
一、遵循的企业会计制度规定
根据《财政部关于执行〈企业会计制度〉和相关会计准则有关问题解答的通知》（财会[2002]18号），企业与关联方之间的应收款项处理需特别注意。除非有确凿证据表明该应收款项不能收回或收回的可能性不大，一般情况下，与关联方发生的应收款项不能全额计提坏账准备。
二、坏账准备的计提
1.企业与关联方（如子公司）之间的应收款项，应当在期末分析其可收回性，并预计可能发生的坏账损失。
2.对于预计可能发生的坏账损失，需要计提相应的坏账准备。
3.在特定情况下，如确凿证据表明关联方（如子公司）已撤销、破产、资不抵债、现金流量严重不足等，并且不准备对应收款项进行重组或无其他收回方式的，可以全额计提坏账准备。
三、税务处理
《企业所得税法》第十条规定，在计算应纳税所得额时，未经核定的准备金支出不得扣除。母公司与子公司往来款中预计无法收回的应收款项计提的坏账准备，不得税前扣除。
四、注意事项
母子公司之间的往来款项若符合上述条件可计提坏账准备，但在计算企业所得税时，需做相应的纳税调整。针对此类问题，企业还应结合实际情况，依据相关法律法规和会计准则进行决策和处理。
对于控股子公司破产导致的母公司借款问题，需结合会计制度和税法规定，合理处理坏账准备和税务问题。企业在实际操作中应谨慎决策，确保合规操作。
