通行费电子发票可以抵扣。增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，可以在开具之日起360日内通过本省（区、市）增值税发票选择确认平台进行申报抵扣。申报抵扣的进项税额应填写在相关的纳税申报表中。部分不使用网络办税的特定纳税人，可持税控设备前往主管国税机关办税服务厅进行确认选择。
第二段落描述了增值税一般纳税人应在开具通行费电子发票之日起的360日内，登录所在省（区、市）的增值税发票选择确认平台。在这个平台上，他们可以查询并选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。这一流程确保了电子发票的有效性和合规性，并为纳税人提供了便捷的操作途径。
对于不使用网络办税的特定纳税人，他们可以选择携带税控设备前往主管国税机关办税服务厅。在那里，税务机关工作人员会为他们通过增值税发票选择确认平台（税务局端）办理通行费电子发票的选择确认。这一措施考虑了不同纳税人的实际情况，提供了多样化的服务方式。
在申报抵扣通行费电子发票的进项税额时，增值税一般纳税人需要填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》中。他们应将相关进项税额填写在“认证相符的增值税专用发票”相关栏次内，以确保抵扣的合规性和准确性。这一环节是税收管理的重要环节，也是确保税收公平和合规的关键步骤。
总结来说，通行费电子发票是可以进行抵扣的，但需要按照规定的流程操作。增值税一般纳税人需登录相应平台查询并选择用于抵扣的发票信息，并在纳税申报时正确填写相关栏次。这一制度的实施有助于促进电子发票的普及和应用，提高税收管理的效率和准确性。
