两者的性质有所不同。“专项应付款”中核算的政府拨入资金属于所有者投入的资本，具有专项或特定用途，政府以投资者身份向企业投入资本。而“政府补助”准则所适用的是政府无偿给予的资产。在会计核算、账务处理和科目核算等方面，两者也存在明显的区别。
一、政府拨入资金的性质差异
在会计实务中，"专项应付款"与"政府补助"两者所核算的政府资金的性质存在明显的差异。"专项应付款"主要核算的是政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项，这些资金一般来自于政府以投资者的身份向企业投入资本，如基本建设投资、国债投资项目等。而"政府补助"则是指企业从政府无偿取得的货币性资产或非货币性资产，包括但不限于财政拨款、先征后返的税款、行政划拨的土地使用权等。
二、形式上的不同
"专项应付款"通常是核算企业取得的具有专项用途的资金，一般表现为收到的政府拨入的货币资金。而"政府补助"则可以表现为多种形式，既包括货币资金投入，如财政拨款，也包括政府无偿给予企业的长期非货币性资产，如土地使用权、天然林等。
三、账务处理方面的差异
在账务处理上，"专项应付款"科目在核算时，主要关注资金的使用和形成的资产。当政府拨款用于工程项目建设时，会涉及到在建工程等科目的变动。项目完工后，对形成的长期资产部分，会转入资本公积，影响企业的所有者权益。而政府补助的账务处理则更为复杂，包括与资产相关的政府补助、与日常活动相关的政府补助等四种类型，在采用总额法核算时，都会对企业的利润产生影响。
四、核算细节的差异
"专项应付款"科目一般按照资本性投资项目进行明细核算，在收到政府拨入款项时，会涉及到银行存款等科目的变动。而政府补助的核算则更为广泛，涉及到多种类型的政府补助，其核算方式也相对复杂。
"专项应付款"与"政府补助"在性质、形式、账务处理和核算细节上均存在明显的差异。了解这些差异对于正确进行会计实务操作至关重要。
