根据财税〔2016〕36号文和财税〔2017〕90号文相关规定，可从销项税额中抵扣进项税额的发票种类包括：增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票和完税凭证。此外，纳税人支付的道路、桥、闸通行费也可以按照特定规定抵扣进项税额。2018年1月1日后，高速公路通行费和一、二级公路通行费若暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，也可凭通行费发票注明的收费金额计算可抵扣的进项税额。
根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号附件一《营业税改征增值税试点实施办法》的规定，增值税扣税凭证主要包括以下几种发票：
1.增值税专用发票：这是最为常见和主要的抵扣凭证，用于证明购买方与销售方之间的增值税应税交易。
2.海关进口增值税专用缴款书：对于进口商品，海关进口增值税专用缴款书作为抵扣进项税额的凭证。
3.农产品收购发票、农产品销售发票：对于与农产品相关的交易，相应的收购和销售发票可以作为抵扣凭证。
4.完税凭证：某些税收缴纳凭证也可以作为抵扣进项税额的依据。
根据《财政部、税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税〔2017〕90号)的规定，自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费也可以按照一定的规定抵扣进项税额。具体规定为：
纳税人支付的道路通行费，可以通过收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额进行抵扣。
对于2018年1月1日至6月30日的高速公路通行费，如果暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，纳税人可以根据通行费发票上注明的收费金额计算可抵扣的进项税额。
对于2018年1月1日至12月31日支付的一级、二级公路通行费以及桥、闸通行费，也可以按照类似的方式计算并抵扣进项税额。
可从销项税额中抵扣进项税额的发票种类包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票、完税凭证以及特定的道路、桥、闸通行费发票。这些发票种类为企业在核算增值税时提供了抵扣进项税额的依据。
