工程行业预交税费在建筑企业跨区预缴后，若应纳增值税小于预缴数，多预缴的部分不能申请退税金，但可以在以后期间继续抵扣应纳增值税。预缴税款的计算依据国税总局2016第17号公告，按照建筑服务的提供方式及计税方法，以全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为基准进行计算。一般纳税人适用一般计税方法时，应预缴税款为余额的2%；选择适用简易计税方法时，应预缴税款为余额的3%。小规模纳税人适用3%的征收率计算应预缴税款。
具体的预缴税款计算方式，根据国税总局2016第17号公告，可以分为以下几种情况：
1.一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，若选择适用一般计税方法计税，预缴税款是根据取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率进行计算。
2.若一般纳税人选择适用简易计税方法计税，预缴税款则是根据全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算。
3.小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务时，也是按照3%的征收率计算应预缴税款。
应预缴税款的计算公式具体为：
1.适用一般计税方法计税的，应预缴税款=（全部价款和价外费用-支付的分包款）÷（1+11%）×2%。
2.适用简易计税方法计税的，应预缴税款=（全部价款和价外费用-支付的分包款）÷（1+3%）×3%。
工程行业预交税费的退回，并非直接退还，而是在后续应纳增值税中进行抵扣。企业需根据实际情况，按照规定的计算方式和税率进行预缴，并在会计核算中合理处理预缴款项，以便准确反映应纳税额和抵扣情况。
