公司自有土地被政府收购的会计分录处理分为两种情况。一种是因公共利益进行搬迁，收到政府从财政预算直接拨付的搬迁补偿款，应作为专项应付款处理。另一种是土地收储不属于公共利益搬迁的情况。具体的会计分录包括银行存款、专项应付款、递延收益、营业外收入及资本公积等科目的借贷处理。企业应根据实际情况选择合适的处理方式。
当公司的自有土地被政府收购，其会计分录的处理方式取决于是否属于因公共利益进行的搬迁。以下是针对这两种情况的详细解答：
一、因公共利益进行搬迁的会计处理
1.企业收到政府给予的搬迁补偿款时，应将其作为专项应付款处理。会计分录为：
借：银行存款
贷：专项应付款
2.对于在搬迁和重建过程中发生的固定资产和无形资产损失、有关费用性支出、停工损失及搬迁后拟新建资产，从专项应付款转入递延收益，并按照《企业会计准则第16号——政府补助》进行会计处理。会计分录为：
借：专项应付款
贷：递延收益
3.对于累计摊销和营业外支出，会计分录为：
借：累计摊销营业外支出
贷：无形资产
4.当涉及递延收益的结转，会计分录为：
借：递延收益
贷：营业外收入资本公积
二、非因公共利益进行搬迁的会计处理
1.当企业收到非公共利益相关的补偿款时，会计分录为：
借：银行存款
贷：营业外收入
2.涉及土地处置时，会计分录为：
借：营业外支出累计摊销
贷：无形资产
企业自有土地被政府收购的会计分录处理需根据具体情况进行。因公共利益搬迁的会计处理涉及专项应付款、递延收益等科目；非因公共利益搬迁则主要涉及营业外收入、营业外支出及无形资产的处置。希望以上解答对您有所助益。
