扣缴义务人通过扣缴客户端进行居民个人综合所得申报时，需按照新税法规定实施累计预扣法预扣个人所得税，并依据纳税人提供的专项附加扣除信息在工资薪金所得按月预扣税款时进行扣除。扣缴义务人需依法履行代扣代缴义务，同时需对纳税人信息保密，不得擅自更改或拒绝纳税人提供的信息。如有违规行为，将依照相关法律处理。
一、了解新税制下扣缴义务的主要变化
新税法建立了对居民个人的工资薪金、劳务报酬、稿酬和特许权使用费四项劳动性所得实行综合计税的制度。扣缴义务人在支付居民个人工资、薪金所得时，需按照“累计预扣法”规定预扣个人所得税，并按月办理全员全额扣缴申报。
二、专项附加扣除的处理
新税法设立了子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等专项附加扣除。居民个人提供专项附加扣除信息给任职受雇单位的，任职受雇单位作为扣缴义务人，应当依法在工资薪金所得按月预扣税款时进行扣除。
三、扣缴权利与义务的具体实施
1.居民个人向扣缴义务人提供有关信息并依法要求办理专项附加扣除的，扣缴义务人应当按照规定在工资、薪金所得按月预扣预缴税款时予以扣除。
2.扣缴义务人应当依法对纳税人报送的专项附加扣除等相关涉税信息和资料保密。
3.扣缴义务人应当按照纳税人提供的信息计算税款、办理扣缴申报，不得擅自更改纳税人提供的信息。在发现信息不符时，扣缴义务人有权要求纳税人修改或报告税务机关。
4.扣缴义务人依法履行代扣代缴义务，纳税人不得拒绝。对于拒绝履行义务的纳税人，扣缴义务人应及时报告税务机关。
5.对于扣缴义务人的违规行为，如未按规定向税务机关报送资料和信息、虚报虚扣专项附加扣除、应扣未扣税款等，将依照相关法律、行政法规进行处理。
扣缴义务人通过扣缴客户端进行综合所得申报，需要了解并适应新税制的变化，严格遵守税法规定，确保纳税人的权益得到保障，同时履行好自身的扣缴义务。
