代开票时附加税一起扣款做账应理解以下几点：首先，纳税义务的发生与是否开票无关，发生确认条件就需要纳税。开票方式按照发票管理办法，交税则依据相关法规和暂行条例。对于小规模纳税人，无论开专票还是普票，增值税都按征收率3%计税，不存在开专票就要多交税或开普票有特殊计算办法的情况。另外，小规模纳税人不能因开专票而抵扣进项。最后，无论是开专票还是普通发票，增值税计税及其附加、所得税确认收入的方式都是一样的。因此，在账务处理上，应正确记录税收扣除情况，按照相关会计准则进行核算。
在企业的日常运营中，代开票时遇到附加税一起扣款的情况，对于会计做账而言，需要严格按照相关法规和规定进行处理。以下是针对该问题的详细解答：
一、明确纳税义务
首先，要明确代开票并不代表只有在开票时才交税，不开票就不用交税。纳税义务的发生是根据税法上的确认条件来决定的。无论是否开票，只要满足纳税义务的条件，都需要进行纳税。
二、了解增值税及附加税的计算方式
对于增值税，无论是开普通发票还是开专用发票，小规模纳税人的计税方式都是按照征收率3%来进行计算。并不存在开专票就要多交税或者存在单独的计算办法。附加税的计算则与开具的发票类型无关，计算方法保持一致。
三、做账流程
1.当企业收到款项时，无论是否开具发票，都需要确认收入并做相应的账务处理。
2.在确认收入的同时，根据税法规定计算增值税及其附加。
3.将增值税及其附加记入相应的会计科目，如“应交税费”等。
4.附加税扣款时，需核对金额并确认支付，减少企业的应交税费。
四、关于专票与普票的处理
小规模纳税人在给对方开具专票时，自己不能抵扣专票。也就是说，虽然对方可以抵扣3%的增值税，但自己不能抵扣任何进项。所得税的计算与开具的发票类型无关，增值税和所得税是两个独立的税种。
总结：
在代开票时遇到附加税一起扣款的情况，企业需根据税法规定进行做账处理。要明确纳税义务的发生，了解增值税及附加税的计算方式，并按照规定的做账流程进行操作。同时，要清楚专票与普票在税务处理上的不同，确保企业的账务处理和税收缴纳准确无误。
