房地产开发企业未支付的质量保证金，在工程竣工验收后，根据合同约定扣留的质保金在计算土地增值税时的扣除项目金额的确定方式，分为两种情况：若建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票，按发票所载金额予以扣除；若未开具发票，扣留的质保金不得计算扣除。具体扣除项目还需遵循《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》中的其他规定。
房地产开发企业在工程竣工验收后，经常会扣留一定比例的工程款作为开发项目的质量保证金。关于这部分未支付的质量保证金，其在土地增值税清算时的扣除项目金额是如何确定的呢？
一、根据合同约定及发票情况确定
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，如果建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票，那么在计算土地增值税时，可以按发票所载金额予以扣除；如果未开具发票，则扣留的质保金不得计算扣除。
二、房地产开发费用的扣除规定
除了质量保证金，房地产开发企业在土地增值税清算时，还需注意房地产开发费用的扣除问题。
1.财务费用中的利息支出：如果能按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明，则允许据实扣除，但最高不能超过商业银行同类同期贷款利率。
2.其他房地产开发费用：在“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
3.若不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明，则扣除比例调整为10%以内。
4.若企业全部使用自有资金，没有利息支出，则按照以上方法扣除。
三、注意事项
在实际操作中，房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，在计算房地产开发费用时不能同时适用上述两种办法。在土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
确定房地产开发企业未支付的质量保证金的扣除项目金额，需结合合同约定、发票情况、金融证明以及省级人民政府规定的比例等多方面因素综合考虑。在实际操作中，企业需仔细核算，确保合规操作，避免不必要的税务风险。
