增值税发票销货清单丢失，一般纳税人需根据不同情况处理：若丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，且已认证相符，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为抵扣凭证，若未认证则用发票联去认证。若丢失已开具专用发票的抵扣联，可使用专用发票发票联复印件留存备查。无法认证时，可使用发票联到主管税务机关认证。处理时需遵循国家税务总局《关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》的规定。
当一般纳税人遇到已开具的增值税发票销货清单丢失的情况时，可以根据以下步骤进行处理：
一、丢失已开具专用发票抵扣联的处理
1.如果已经认证，则用发票联复印件留存；
2.若未认证，则用发票联去认证，同时发票联复印件备查。
二、丢失已开具专用发票联的处理
1.使用抵扣联入帐，同时复印件备查；
2.将专用发票抵扣联作为记账凭证，同样抵扣联复印件也要留存备查。
这些处理的法律依据是国家税务总局《关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》（国税发〔2006〕156号）的第二十八条和第二十九条。
具体来说，如果丢失前已经认证相符的，购买方可以凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方可以凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符后同样可以作为抵扣凭证。
如果专用发票抵扣联无法认证，还可以使用专用发票发票联到主管税务机关认证。
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