土地增值税清算时销售收入的确认方式如下：若已全额开具商品房销售发票，则按照发票所载金额确认收入；若未开具发票或未全额开具发票，则以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。若销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，且在清算前已发生补、退房款，应在计算土地增值税时调整。针对未全部开具发票的情况，可按销售合同或协议约定的价款确定收入额。
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号），对于土地增值税清算时销售收入的确认，需按照以下两种情况处理：
一、已全额开具商品房销售发票的情况
如果房地产公司已经全额开具了商品房销售发票，那么土地增值税清算时的销售收入应按照发票所载金额确认。
二、未开具或未全额开具发票的情况
对于未开具发票或未全额开具发票的情况，土地增值税清算时的销售收入则应以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认。
特别注意事项：
1.如果销售合同所载的商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
2.对于采取银行按揭方式销售开发产品的情况，未开具发票或未全额开具发票的，应按销售合同或协议约定的价款确定收入额。
针对您公司的情况，房屋已全部售出但发票尚未全部开具，那么在土地增值税清算时，应按照交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益来确认收入。
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