在建工程的主要账务处理包括：企业发包工程预付工程款、备料款，自营工程领用工程物资等时的会计处理，涉及预付、结算、领用物资、职工薪酬、辅助生产成本、管理费等多个方面。处理过程中涉及增值税的需结转相应税额。对于不同情况如工程报废、毁损、负荷联合试车等，也有特定的处理方式。当在建工程达到预定可使用状态时，需计算分配待摊支出并结转在建工程成本。此外，还涉及油气勘探过程中的钻井勘探支出的处理。
一、企业发包工程账务管理
当企业按照合同规定向承包企业预付工程款和备料款时，会计上需要进行相应的处理。具体操作为：借记在建工程科目，贷记银行存款等科目。当企业将设备交付承包企业进行安装时，同样需要更新账目，一般借记在建工程（在安装设备），贷记工程物资科目。与承包企业办理工程价款结算时，按照补付的工程款，进行相应科目的调整。
二、企业自营工程的会计处理
对于自营的在建工程，当领用工程物资、本企业原材料或库存商品时，会计处理方式为：借记在建工程科目，贷记相应的物资、原材料或库存商品科目。同时，若采用计划成本核算，应结转应分摊的成本差异。涉及增值税的，还需结转相应的增值税额。
三、期间费用与其他支出的账务处理
在建工程期间的管理费、征地费、可行性研究费等，应借记在建工程（待摊支出）科目，贷记相关科目。发生的借款费用，若满足借款费用准则资本化条件，也需进行相应的会计处理。对于因自然灾害造成的单项工程或单位工程毁损，应明确净损失并作出相应的账务处理。
四、特殊情况的账务处理
在油气勘探过程中发生的钻井勘探支出，属于特定经济行为的会计处理。其中，发现探明经济可采储量的钻井勘探支出，应借记油气资产科目；未发现探明经济可采储量的钻井勘探支出，则借记勘探费用科目。
五、完工及后续处理
在建工程完工后，对于已领出的剩余物资需办理退库手续。当工程达到预定可使用状态时，应计算分配待摊支出，并结转在建工程成本至固定资产科目。
在建工程的账务处理涉及多个环节和方面，从发包工程、自营工程到期间费用、特殊情况和完工后续处理，都需要会计人员进行准确及时的账务记录和处理，以确保企业资产和财务的准确性与合规性。
