股票公允价值损失可以税前扣除，但需要根据《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》进行申报。属于清单申报的资产损失，企业应按会计核算科目归类汇总后报送税务机关，有关资料和纳税资料需留存备查。其中，在证券交易市场买卖股票发生的损失属于应进行清单申报的资产损失。未经申报的损失不得在税前扣除。
企业在证券交易市场买卖股票产生的公允价值损失，是企业资产损失的一种形式。关于这类损失是否可以在税前扣除，国家税务总局在其相关规定中给出了明确的答案。
根据国家税务总局公告2011年第25号《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》的第八条，企业发生的资产损失，想要实现在税前扣除，必须按照规定的程序和要求向主管税务机关申报。未经申报的损失，不得在税前扣除。该公告进一步将资产损失的申报形式分为清单申报和专项申报。
对于股票公允价值损失，它属于应进行清单申报的资产损失。按照第九条的规定，企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票等发生的损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除。
企业在证券交易市场买卖股票产生的公允价值损失，在按照相关程序和要求向税务机关进行清单申报后，可以在企业所得税税前扣除。
企业进行申报时，需按照会计核算科目对损失进行归类、汇总，并将汇总清单报送税务机关。同时，企业应保留相关的会计核算资料和纳税资料以备查。属于专项申报的资产损失，则需要逐项（或逐笔）报送申请报告，并附上详细的会计核算资料及其他相关纳税资料。
了解并遵循这些规定，企业能够确保其股票公允价值损失得到合理的税务处理，同时也保障了企业的合法权益。希望以上解答能够帮助您更好地理解股票公允价值损失与税前扣除之间的关系。
