土地增值税清算时，房地产开发企业缴纳的土地使用税可以在管理费用列支并按规定予以扣除，不管在房地产项目完工前或完工后发生。但支付给项目管理公司的项目管理费和工程监理费不属于开发间接费用，不能在土地增值税清算时扣除。
在土地增值税清算过程中，土地使用税是否可以扣除是一个重要的问题。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其相关实施细则，我们可以对此进行详细的解读。
首先，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，计算土地增值税的增值额时，可以扣除的项目包括取得土地使用权所支付的金额、开发土地的成本与费用、新建房及配套设施的成本与费用、与转让房地产有关的税金等。这里并未明确提及土地使用税是否可以扣除。
然而，根据《海南省地方税务局关于明确土地增值税若干政策问题的通知》第二条规定，房地产开发企业缴纳的土地使用税，无论是在房地产项目完工前还是完工后发生的，都在管理费用中列支，并且按规定予以扣除。
至于房地产开发公司支付给项目管理公司的项目管理费和工程监理费，根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，这些费用并不属于开发间接费用，因此不能在土地增值税清算时扣除。开发间接费用主要是指直接组织、管理开发项目发生的费用，如工资、职工福利费、折旧费等。
土地使用税在土地增值税清算时是可以扣除的，但需要注意的是，这仅限于房地产开发企业缴纳的土地使用税，并且无论项目是否完工，都在管理费用中列支。而支付给项目管理公司的项目管理费和工程监理费则不属于可扣除的项目。
