土地增值税清算审核的难点包括：1. 确定清算单位，导致清算结果差异；2. 转让房地产收入总额的审核，包括非货币性资产交换和售房款挂往来帐的问题；3. 扣除项目的审核，需关注取得土地使用权金额、开发成本、开发间接费用的审核，并遵循票据合法性、实质重于形式、相关性等原则；4. 审核项目还需重点关注土地使用权支付金额、前期工程费、基础设施费、公共配套设施费及建筑安装工程费的审核。
一、清算单位的确定
土地增值税清算的首要任务是准确确定清算单位。清算单位的不同可能导致清算结果产生较大差异。国家税务总局明确规定，通常以房地产开发项目作为统一单位进行核算。对于分期开发的土地项目，应将分期项目作为清算单位。若开发项目中包含普通住宅与非普通住宅，这两类也应分别作为增值额进行计算。
二、转让房地产收入总额的审核
审核转让房地产的收入总额时，需关注销售合同、销售发票及销售台账，确保上述三项所载金额一致。审核过程中应注意以下问题：
1.房地产开发通过非货币性资产交换产生的所有权转移，如作为职工福利、奖励、对外投资及分红、债务抵偿等，应视为销售房地产确认收入。
2.避免将售房款长期挂往来账，不及时结转销售收入。
3.销售价格的认定参考同一地区、同一年度销售的同类房地产的价格。
三、扣除项目的审核
扣除项目审核是土地增值税清算的核心环节，主要审核以下几个方面：
1.取得土地使用权金额的审核。
2.开发成本的审核。
3.开发间接费用的审核。
在审核过程中，应重点区分开发成本和开发费用的帐务记载情况，并遵循票据合法性、实质重于形式原则以及相关性原则。对于没有取得合法票据的支出，无法进行扣除。
四、审核重点关注问题
1.对于涉及多个开发项目的取得土地使用权支付金额和土地征用、拆迁补偿费等费用，需关注其是否进行分摊。
2.前期工程费、基础设施费用的审查应判断其是否实际发生。
3.公共配套设施费的审核需明确界定公共配套设施的界限，检查是否存在预提公共配套设施费的情况。
4.建筑安装工程费的审查需核实费用是否与决算报告、审计报告等相符，并关注自购建材费用是否重复纳入扣除项目。还需根据当地建设主管部门所公布的单位成本定额，对建筑安装工程费用支出是否存在异常进行审查。
土地增值税清算审核涉及多方面内容，要求严格遵循相关政策和原则，确保审核的准确性和合法性。
