针对土地增值税清算申报中如何处理土地返还款的问题，税法规定，企业取得土地使用权所支付的地价款应以实际支付的土地出让金减去政府以各种形式支付的经济利益后确认。本案中，企业应根据出让合同约定的地价款扣除政府财政返还款后的余额进行申报。税务机关对企业进行审查并调整其金额，企业需在规定期限内补缴税款。补缴增值税的会计处理包括本月和以前的年度查账补交的情况，以及按月缴纳增值税的会计处理。
近期，某房地产开发有限公司在进行土地增值税清算申报时，涉及土地返还款的处理遇到了问题。在招拍挂方式取得土地使用权后，政府与企业签订了补充协议，对企业支付的A土地的出让金进行财政返还。企业在申报时，按照出让合同约定的土地出让金总额填报了取得土地使用权所支付的金额，但税务机关认为企业地价款申报有误。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》和江苏省地方税务局的相关规定，纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，应以实际支付土地出让金减去因受让该宗土地政府以各种形式支付的经济利益后确认。该企业取得土地使用权所支付的地价款应为出让合同约定的地价款扣除政府财政返还款后的余额。
税务机关在审核后，对该企业取得土地使用权所支付的金额进行了调整，并书面通知企业，要求在规定期限内补缴税款。那么，补缴的增值税应如何处理呢？
一、本年度正常的补缴增值税，会计分录如下：
借：应交税金--应交增值税
贷：银行存款等
二、对于以前年度的查账补交，会计分录处理如下：
1.计提
借：以前年度损益调整
贷：应交税费--增值税检查调整
2.查补转出
借：应交税费--增值税检查调整
贷：应交税费--未交增值税
3.补交增值税
借：应交税费--未交增值税
贷：银行存款
4.结转损益调整
借：利润分配--未分配利润
贷：以前年度损益调整
土地返还款在土地增值税清算申报中的处理，需按照相关法规和规定，以实际支付土地出让金减去政府支付的经济利益后确认。企业在遇到此类问题时，应按规定进行调整并补缴相应的税款。希望以上解答能帮助您更好地理解和处理这一问题。
