高新企业政府补贴的会计处理根据具体情况有所不同。国家投资应作为权益，增加企业实收资本或股本，税务和会计处理一致，不计入企业当年收入总额。资金使用后要求返还的部分作为负债，计入借款或其它应付款，税务处理与会计处理一致，也不计入企业当年收入。除上述情况外的其他财政资金，会计处理作为损益，新准则要求计入“递延收益”或当期“营业外收入”。而根据相关规定，除属于国家投资和需归还本金的财政性资金外，其余应计入企业当年收入总额。对于特定专项用途并经国务院批准的财政性资金，可作为不征税收入。
针对高新企业政府补贴的会计处理，我们可以依据不同的资金性质进行科目归类。
一、国家投资的处理方式
国家投资应当作为权益，计入并增加企业的实收资本或股本。这种投资形式的税务处理与会计处理保持一致，并不计入企业当年的收入总额。
二、需返还的本金处理
对于资金使用后要求返还的本金，会计处理上应当将其作为负债，计入借款或其它应付款处理。税务处理与会计处理方式相同，这类资金也不计入企业当年收入总额。
三、其他财政资金的处理
除上述两种情况之外的企业取得的财政资金，会计处理上可以作为损益。根据新的会计准则要求，具体处理可以参照《企业会计准则第16号——政府补助》。这部分资金可以计入“递延收益”或当期“营业外收入”。
关于财政性资金的企业所得税纳税问题，根据《关于财政性资金行政事业性收费政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》的规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和需归还本金的资金外，均应计入企业当年收入总额。对于由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
高新企业政府补贴的会计处理科目主要涉及到实收资本或股本、借款或其它应付款、以及可能的“递延收益”或“营业外收入”等科目。在处理相关税务问题时，也需要结合具体规定进行合规操作。
