未付款的进项发票是否可以抵扣，依据不同文件规定有所不同。在防伪税控系统开具的增值税专用发票的情况下，是否付款不再是抵扣进项税额的条件。增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票后，必须在开具之日起90日内进行认证并在认证通过的当月核算抵扣，否则不予抵扣。因此，针对具体问题，应根据公司实际情况和相关法规来判断是否可以抵扣进项税额。
对于商业增值税一般纳税人，购进货物抵扣进项税额的问题，历史上曾有过必须付款后才能抵扣的规定。但随着时间的推移，相关税收政策发生了变化。
根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发[1995]15号）的规定，在未取得货款支付的情况下，进项税额是不允许抵扣的。然而，这一规定在《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）中得到了修改。特别是该通知第三条明确指出，增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，其专用发票所列明的购进货物或应税劳务的进项税额抵扣时限，不再受原先付款与否的限制。这意味着，只要满足其他抵扣条件，如增值税专用发票的真实有效性、认证通过等，未付款的进项发票也可以申请抵扣。
具体来说，增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票后，必须在自该增值税专用发票开具之日起90日内到税务机关进行认证。认证通过后，当月的增值税进项税额就可以核算并申报抵扣。如果超过这个时间未进行认证或申报抵扣，则不予抵扣进项税额。
针对您公司最近购进货物并取得增值税专用发票但货款尚未支付的情况，目前不需要担心必须付款后才能抵扣进项税额的问题。只要满足相关条件，即可按照规定流程进行抵扣。
希望以上解答能够帮助您了解未付款的进项发票是否可以抵扣的问题。如您有更多关于会计实务的疑问，建议咨询专业人士或查阅相关文件。
