土地增值税的计算方法和征收方式包括预征和清算两个阶段。预征是土地增值税征收管理工作的基础，各级税务机关根据地区房价上涨情况制定预征率，东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%。土地增值税清算则是通过对土地增值税的核算来确定实际税负。目前都需要做土地增值税清算，没有核定征收的方式。
根据《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发[2011]53号），土地增值税的征收方式以预征为主，预征是土地增值税征收管理工作的基础，其主要计算方法和征收方式如下：
一、预征制度
预征是土地增值税征收的重要方式。各级税务机关全面加强土地增值税的预征工作，预征率的设定需考虑多种因素，包括房地产项目的管理、销售不动产营业税、土地增值税清算的实际税负以及房价上涨的情况等。根据不同地区，预征率有所不同：东部地区省份预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区省份不得低于1%。
二、预征率的调整
预征率的调整是土地增值税征收中的关键环节。预征率的调整与房价上涨情况挂钩，使预征率更加接近实际税负水平，改变目前部分地区存在的预征率偏低，与房价快速上涨不匹配的情况。这一机制旨在确保土地增值税在预征阶段及时、充分发挥调节作用。
三、土地增值税清算
目前都需要进行土地增值税清算，没有核定征收的方式。这意味着在土地交易完成后，纳税人需要按照相关法规进行土地增值税的申报和缴纳。
土地增值税的计算方法和征收方式主要通过预征制度来实现，其中预征率的设定和调整是核心环节。各级税务机关需根据本地实际情况，科学、精细地测算预征率，使其更加接近实际税负水平，并确保土地增值税在预征阶段充分发挥调节作用。
