根据国家税务总局的规定，商业零售企业的存货损失中，因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失，可以以清单申报的方式进行企业所得税纳税申报。这些损失被视为存货正常损失，可以按会计科目归类汇总后，以清单形式进行申报，同时需要出具损失情况分析报告。而因风、火、雷、震等自然灾害，仓储、运输失事，重大案件等非正常因素形成的损失，以及存货单笔损失超过500万元的，需要以专项申报方式进行申报。
根据国家税务总局的相关规定，商业零售企业存货损失中，特定类型的损失可以以清单申报的方式向税务机关申报扣除。
一、正常经营管理中的资产损失
在商业零售企业的正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失，属于可以清单申报的范围。
二、存货的正常损耗
企业各项存货发生的正常损耗，也是可以进行清单申报的。这包括了因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失。
三、固定资产与生产性生物资产的正常报废
企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失，以及企业生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失，同样可以以清单申报的方式申报扣除。
四、金融产品的交易损失
企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失，也属于可以清单申报的范围。
对于商业零售企业，如果无法准确判断某项存货损失是否属于清单申报的范围，可以选择采取专项申报的形式进行申报扣除。另外，根据规定，存货单笔（单项）损失超过500万元的，无论何种因素形成的，都应以专项申报方式进行企业所得税纳税申报。
商业零售企业在处理存货损失时，应详细了解并准确应用相关税收政策，确保企业的税务处理符合法规要求。
