总分公司企业所得税申报方式根据分公司的核算方式而定。若分公司独立核算，则总分公司分别根据各自的利润表数据填写申报。若分公司非独立核算，则根据总公司分配的结果进行申报。具体根据《中华人民共和国企业所得税法》和《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定，汇总纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算的企业所得税征收管理办法。除特定情况外，分支机构缴纳的企业所得税应由总机构统一计算并分配，按月或按季就地预缴。具体税款缴库或退库程序按相关规定执行。
一、独立核算与非独立核算的分公司所得税申报
当分公司所得税为独立核算时，总分公司均根据各自的利润表数据填写申报。若为非独立核算的分公司，则需根据总公司分配的结果进行申报，总公司则在所在地按全部税款的50%申报缴纳。
二、《中华人民共和国企业所得税法》相关规定
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立的不具有法人资格的营业机构，应汇总计算并缴纳企业所得税。具体细节参照《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》。
三、汇总纳税企业的征收管理办法
汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。其中，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
四、分支机构的企业所得税分摊
汇总计算的企业所得税，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；另外50%由总机构分摊缴纳。具体缴纳金额由总机构计算分配，分配依据包括上年度各省市分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素。
五、特殊情况处理
对于以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，若无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表及相关证据证明其二级及以下分支机构身份，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
六、注意事项
除上述情况外，分支机构缴纳企业所得税时，总机构应统一计算企业应纳税所得额和应纳所得税额，并按月或按季由总机构、分支机构预缴。确保遵循相关法规和规定，顺利完成企业所得税的申报与缴纳工作。
总分公司的企业所得税申报需遵循一定的法规和管理办法，确保税收的合规性和准确性。企业需根据实际情况，结合相关法规，正确申报缴纳企业所得税。
