补缴税款时，境外投资者可以申请享受税收协定待遇，但只能适用相关利润支付时有效的税收协定规定。如果非居民纳税人在申报时未享受协定待遇，事后发现可享，可向税务机关申请退还多缴的税款，并提供相关资料。税务机关会在30日内查实并办理退还手续。
境外投资者在补缴税款时，仍有可能享受税收协定待遇。这主要取决于相关利润支付时有效的税收协定规定。
一、税收协定待遇的申请与享受
根据《非居民纳税人享受税收协定待遇管理办法》（国家税务总局公告2015年第60号），境外投资者在补缴税款时，可以按照既定程序申请享受税收协定待遇。这意味着，如果符合相关税收协定的条件，境外投资者在补缴税款时同样可以享受到一定的税收优惠。
二、未享受协定待遇的处理方式
对于非居民纳税人在申报时未享受协定待遇，但事后发现可以享受的情况，他们可以在《中华人民共和国税收征收管理法》规定的期限内，自行或通过扣缴义务人向主管税务机关申请退还多缴的税款。为了加快处理进程，非居民纳税人还需提交相关报告表、资料以及补充享受协定待遇的情况说明。
三、主管税务机关的处理流程
主管税务机关在接到非居民纳税人或扣缴义务人的退还申请后，将在30日内查实相关情况。这30日并不包括补充提供资料、个案请示、相互协商及情报交换的时间。对于符合享受协定待遇条件的纳税人，税务机关会为其办理退还手续。
补缴税款时境外投资者仍有可能享受税收协定待遇，但具体能否享受、如何操作还需根据相关规定和程序进行。希望以上解答能够帮助您更好地理解相关税务政策。如果您有更深入的学习需求，可以关注相关公众号或加入会计实务交流群进行进一步的学习和探讨。
