二手商铺税收的计算方法包括计算扣除项目金额合计、计算增值额、计算增值额与扣除项目金额之比，以及根据比例计算土地增值税。提供购房发票的扣除项目金额包括购房所支付金额、税费等，并按发票金额每年加计5%。不能提供购房发票但能提供评估报告的，扣除项目还包括土地评估费用。土地增值税根据增值额与扣除项目金额的比例分档计算税额。
二手商铺的税收计算主要涉及土地增值税，其计算过程相对复杂，具体包括以下步骤：
一、计算扣除项目金额合计
1.若提供购房发票，扣除项目金额包括：取得房地产所支付金额、增值税、城建税、教育费附加、印花税以及按发票金额每年加计的5%。
2.若无法提供购房发票但能提供房地产评估报告，扣除项目金额则包括：取得国有土地使用权所支付金额证明、评估报告中经税务机关确认的房屋重置成本现值、相关税费以及价格评估费用。
二、计算增值额
增值额是指转让房地产收入总额减去扣除项目金额。若转让房地产价格明显偏低且无正当理由，将按照核定价格计算。
三、计算增值额与扣除项目金额之比
该比例是评估土地增值税的关键依据，计算公式为：增值额除以扣除项目金额。
四、计算土地增值税
根据增值额与扣除项目金额之比确定税率及应纳税额。具体标准如下：
1.比例在50%以下的，应缴纳土地增值税额为增值额的30%。
2.比例在50%-100%的，税额为增值额的40%减去扣除项目金额的5%。
3.比例在100%-200%的，税额为增值额的50%减去扣除项目金额的15%。
4.比例超过200%的，税额为增值额的60%减去扣除项目金额的35%。
综上，土地增值税是对有偿转让国有土地使用权及其上的建筑物和附着物就其增值部分征收的一种税。了解并正确计算二手商铺的税收对于买卖双方都至关重要，有助于确保交易的合法性和公正性。希望以上解答能对您有所助益。
