土地增值税预征的计征依据是纳税人转让房地产取得的不含增值税的收入。预售期，土地增值税和增值税的计税基数为当期预收账款，通过除以（1+适用税率或征收率）计算应缴税额。具体计算时，土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。
一、政策文件依据
《财政部、国家税务总局关于营改增后契税、房产税、土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》(财税〔2016〕43号)规定，土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。这意味着在预征土地增值税时，其计征依据也应为不含增值税的收入。
二、预售期的计征基础
在预售期，土地增值税和增值税的计税基数均为当期预收账款。预征计税基础相同，均可以不含增值税的金额计算应缴税额。这种规定简洁方便，有助于纳税人更好地理解和计算税款。
三、具体计算方式
对于房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。也就是说，预收的款项在扣除应预缴的增值税税款后，剩余的部分即为土地增值税的预征依据。
四、国家税务总局的规定
《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)进一步明确了营改增后土地增值税应税收入的确认问题。适用不同计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税的销项税额或应纳税额。
土地增值税预征的计征依据为不含增值税的预收款项，在扣除应预缴的增值税税款后计算。这种规定简化了计算过程，方便了纳税人。
