委托加工费和原材料可以分开申请退税。根据相关规定，出口企业委托生产企业加工收回后报关出口的货物，可以凭购买加工货物的原材料等发票和工缴费发票按规定办理退税。外贸企业委托加工出口产品，应按原料的退税率和加工费的退税率分别计算应退税款。加工费的退税率按出口产品的退税率确定。
出口企业在进行货物出口时，对于委托加工费和原材料是否可以分开申请退税，需依据国家相关税收法规进行。根据《国家总局关于印发<出口货物退（免）税管理办法>通知》（国税发[1994]031号）规定，出口企业委托生产企业加工收回后报关出口的货物，可以凭购买加工货物的原材料等发票和工缴费发票按规定办理退税。这意味着，委托加工费和原材料是可以分开来申请退税的。
进一步地，根据《国务总局关于印发<出口货物退（免）税若干问题的具体规定>的通知》（国税发[1999]101号）第八条，外贸企业委托加工出口产品时，应分别计算原料和加工费的应退税款。加工费的退税率按照出口产品的退税率确定。这一规定为委托加工企业和出口企业提供了明确的退税操作指南。
在实际操作中，企业需保留好相关的原始凭证和资料，如购买原材料的发票、工缴费发票、报关单等，以便在申请退税时提供充分的证据。同时，企业还应关注退税政策的变动，确保合规操作，以享受应有的税收优惠政策。
委托加工费和原材料是可以分开申请退税的。企业需依据国家税收法规进行操作，并保留好相关凭证，以确保顺利申请退税。
