针对三级分支机构企业所得税逾期未申报的情况，根据国家税务总局公告，三级分支机构不就地缴纳企业所得税。对于2008年1季度的企业所得税，由于已超过征管法规定的5年追溯期，且三级分支机构本身不涉及直接缴纳企业所得税，因此处理上可能涉及税务局征收管理系统的问题。建议与税务局联系并咨询具体处理方式。
那么，对于三级分支机构企业所得税逾期未申报的情况，具体处理办法如下：
1.确认逾期情况：首先，确认三级分支机构的企业所得税确实存在逾期未申报的情况，并了解具体的逾期时间和原因。
2.查阅相关法规：查阅国家税务总局的相关法规，了解对于这种情况的具体规定和处理方式。
3.联系税务局：与所在地税务局联系，说明情况，并咨询如何处理逾期未申报的企业所得税。
4.补缴税款：根据税务局的要求，及时补缴逾期未申报的企业所得税，并可能面临的罚款或滞纳金。
5.注意避免类似情况再次发生：为了避免类似情况再次发生，应建立健全的财务管理制度，确保税款的及时申报和缴纳。
值得注意的是，上述处理办法仅供参考，具体处理方式可能因地区和具体情况而异，建议在处理类似问题时，及时咨询专业人士或税务局工作人员，以确保合规操作。
