纳税人劳务派遣公司在营改增后，提供劳务派遣服务需缴纳增值税。一般纳税人可选择全额计税或差额计税，小规模纳税人同样可选择两种计税方法。全额计税以全部价款和价外费用为销售额，按一般或简易计税方法计算；差额计税则需扣除代用工单位支付的费用后的余额为销售额，按简易计税方法计算。具体税率根据纳税人类型和计税方式而定。
根据《财政部、国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）的规定，针对纳税人劳务派遣公司在营改增后的纳税方式有以下两种：
一般纳税人提供劳务派遣服务的纳税方式：
1.一般计税方法：以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照一般计税方法计算缴纳增值税。
2.差额纳税：除取得的全部价款和价外费用外，还可以扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
小规模纳税人提供劳务派遣服务的纳税方式：
小规模纳税人可以按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税。同样，也可以选择差额纳税，即扣除相关费用后的余额为销售额，依然按照简易计税方法，但征收率为5%。
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