个人所得税专项扣除的资料需要留存以作为财务和税务记录。如果由单位代扣代缴个人所得税，单位必须留存相关资料以备查。员工自行申报的情况下，单位可以不留存，但如果财务部门代扣代缴或单位申报，则需留存。《国家税务总局公告2018年第60号》规定，纳税人选择由扣缴义务人办理专项附加扣除的，需报送相关信息并签字留存备查。
关于个人所得税专项扣除，留存的资料取决于扣缴方式。如果员工的个人所得税由单位代扣代缴，那么单位作为扣缴义务人，需要留存相关资料。这些资料属于财务资料的一部分，以便随时备查。
单位代扣代缴情况下的资料留存
1.电子或纸质《扣除信息表》：纳税人填写并向扣缴义务人报送的扣除信息表是重要依据。扣缴义务人会将这些信息导入或录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。
2.签字(章)存档：《扣除信息表》需要一式两份，纳税人和扣缴义务人签字(章)后分别留存备查。
个人自行申报情况下的资料留存
如果职工个人自己申报个人所得税专项扣除，那么一般情况下不需要额外留存资料。
相关法规依据
《国家税务总局关于发布〈个人所得税专项附加扣除操作办法(试行)〉的公告》(国家税务总局公告2018年第60号)对此有明确规定，其中涉及到纳税人选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除的相关流程。
对于单位代扣代缴个人所得税的情况，需要留存相关财务资料以备查。而对于个人自行申报的情况，则一般不需要额外留存资料。无论哪种情况，都应确保资料的完整性和准确性，以便税务部门核查。
