房地产企业将开发的房产抵债给建筑公司涉及税收问题主要包括：企业所得税、土地增值税和印花税。其中，企业所得税需视同销售确认收入；土地增值税在发生所有权转移时需视同销售房地产；印花税涉及财产所有权转移书据的征税。此外，税务机关有权核定计税依据明显的偏低又无正当理由的应纳税额。
一、企业所得税
当房地产企业将开发的房产抵债给建筑公司时，这被视为一种非货币性资产交换。根据《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》(国税发[2006]31号)，这种交换应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移，或于实际取得利益权利时确认收入。具体的确认方法和顺序为：
1.按本企业近期或本年度最近月份同类开发产品市场销售价格确定；
2.由主管税务机关参照当地同类开发产品市场公允价值确定；
3.按开发产品的成本利润率确定，成本利润率不得低于15%。
二、土地增值税
对于土地增值税，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)，房地产开发企业用房产抵债的行为应视同销售房地产。收入确认的方法和顺序如下：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
三、印花税
根据《关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发〔1991〕155号)，房产的转移也需要缴纳印花税。印花税的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据。
需要注意的是，根据《税收征收管理法》的规定，如果纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额。在进行抵债房产的税收计算时，需要合理确定计税依据，避免税务风险。
