玄武某投资管理公司持有的软件公司股权转让不扣除股息的原因在于，根据税务相关规定，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。税务规定仅适用于投资企业通过清算、退股等方式从被投资单位撤回或减少长期股权投资时，方可确认股息所得。因此，投资公司转让股权的行为不适用此规定。
在某投资管理公司转让其持有的某软件公司10%的股权过程中，小王询问是否可以将软件公司的累计未分配利润60万元按投资比例确认为股息所得，并进一步询问该股息所得是否可作为免税收入在计算股权转让所得时扣除。对此，税务人员给出了明确的解答。
一、税务处理规定
根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）的相关规定，投资企业在撤回或减少投资时，才能将相当于被投资方累计未分配利润的部分确认为股息所得。而对于股权转让行为，不能适用这一规定。
二、股权转让收入的确认
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函［2010］79号）明确指出，企业转让股权收入，应在转让协议生效并完成股权变更手续时确认收入的实现。股权转让所得为转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本。
三、不得扣除未分配利润
企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。小王所在的投资管理公司在转让股权时，应按照规定的应税所得计算缴纳企业所得税。
股权转让所得不扣除股息是因为税务处理规定对于企业转让股权的行为有明确的税务处理原则。股息所得的确认有特定的条件和规定，不能随意在股权转让所得中扣除。希望以上解答能够帮助您理解股权转让所得不扣除股息的原因。
