分公司开票总公司收款的处理方式是，当分公司开出发票后，客户将款项打入总公司账户时，分公司应记录其他应付款-内部往来，同时减少应收账款。总公司则记录银行存款和其他应付款-分公司。为处理三角债务关系，总公司将款退回并让客户提供三方收款证明，总公司和分公司挂往来账。分公司会计分录包括应收账款、主营业务收入、应交税费等。为简化处理，可以关注得讯会计公众号或加入会计实务交流群获取更多会计实操和税收实务问题的解答。
当分公司开出发票，而对方将款项打入总公司账户时，这种情况确实容易引发三角债务关系。为了妥善处理，可以采取以下两种主要办法：
一、款项退回并重新打款
为了避免三角债务关系的产生，最好的方法是总公司将收到的款项退回，并要求对方重新将款项打入分公司的账户。这样做可以确保账务的清晰，减少后续的纠纷。
二、出具三方收款证明及挂往来账
如果无法退回款项，另一个可行的方法是出具三方收款证明，并且总公司和分公司之间挂往来账。这样处理的具体步骤如下：
1.分公司开票后，会计分录为借：应收账款-XX贷：主营业务收入、应交税费-应交增值税(销项税额)。
2.当客户将款项打到总公司时，分公司进行如下会计分录：借：其他应付款-内部往来贷：应收账款-XX。
3.总公司的会计分录为借：银行存款贷：其他应收款-内部往来。
这样处理可以确保分公司和客户之间的账务清晰，同时总公司和分公司之间的内部往来也得以体现。
无论采取哪种方式处理这种情况，都需要确保账务的准确性和清晰性，以避免可能的纠纷和风险。希望以上解答能够帮助您更好地处理分公司开票总公司收款的问题。如想了解更多会计实操、税收实务问题，可以关注相关公众号或加入会计实务交流群进行交流学习。
