营改增后，劳务派遣公司缴纳增值税的方式有所变化。一般纳税人提供劳务派遣服务，可以选择一般计税方法或差额纳税，按照规定的征收率计算缴纳增值税。小规模纳税人同样可以选择一般计税方法或差额纳税。选择差额纳税的纳税人，向用工单位收取的用于支付劳务派遣员工的工资、福利和社保等费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。具体规定可查询财税〔2016〕47号通知。
一、一般计税方法
一般纳税人提供劳务派遣服务，可以按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的有关规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照一般计税方法计算缴纳增值税。
二、差额纳税方式
除了按全额计税，劳务派遣公司也可以选择差额纳税。具体为：以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额。一般纳税人和小规模纳税人都可以选择这种计税方式，并按照简易计税方法依5%或3%的征收率计算缴纳增值税。
在选择差额纳税的情况下，向用工单位收取的用于支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
劳务派遣公司在营改增后，可以根据自身情况选择一般计税方法或差额纳税方式，来合理缴纳增值税。对于一般纳税人来说，两种计税方式均可选择；而对于小规模纳税人来说，虽然也可以选择差额纳税，但全额计税的征收率为3%。希望以上解答能够帮助您更好地理解劳务派遣公司在营改增后如何缴纳增值税的问题。
