根据《财政部国家税务总局关于纳税人异地预缴增值税有关城市维护建设税和教育费附加政策问题的通知》(财税〔2016〕74号)的规定，预缴增值税的纳税人在其机构所在地申报缴纳增值税时，应以实际缴纳的增值税税额为计税依据，并按机构所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。这意味着，对于已经预缴的税款，无需重复申报缴纳。
对于房地产开发企业而言，其异地预缴的附加税费，如果能够按清算项目准确计算，允许据实扣除。若不能准确计算，则按预缴增值税时实际缴纳的附加税费进行扣除。而对于建筑安装企业，由于其提供的建筑服务是按完工百分比确认收入，与收款没有直接对接关系，因此预征增值税的附加税费应允许税前扣除。但需要注意的是，对于计提的附加税费，在增值税后仅产生待转增值税义务时，不宜直接计提附加税费。
具体来说，预缴附加税的申报流程如下：
1.纳税人需在异地提供建筑服务、销售和出租不动产时，在建筑服务发生地或不动产所在地预缴增值税。
2.以预缴的增值税税额为计税依据，并按预缴增值税所在地的城市维护建设税适用税率和教育费附加征收率就地计算缴纳城市维护建设税和教育费附加。
3.在机构所在地申报缴纳增值税时，再次以实际缴纳的增值税税额为计税依据，并按机构所在地的相应税率计算缴纳附加税费。
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