员工探亲发生的交通费不可以抵扣进项税。财税【2016】36号附件1规定，企业用于集体福利和个人消费购进的货物、劳务等不可抵扣进项税。同时，国家税务总局明确，增值税一般纳税人购进的国内旅客运输服务允许抵扣进项税额的对象是与本单位建立了合法用工关系的雇员。因此，员工探亲发生的客运费用不得用于抵扣销项税额。
员工探亲发生的交通费，其客运发票不可以抵扣进项税。这是因为财税【2016】36号附件1第二十七条规定，企业用于集体福利和个人消费购进的货物、劳务、服务、无形资产和不动产,不可以抵扣进项税。虽然国家税务总局的《深化增值税改革即问即答(之二)》明确了纳税人为与本单位建立了合法用工关系的雇员发生的国内旅客运输费用允许抵扣其进项税额，但员工探亲并不属于生产经营所需，而是属于个人消费范畴。相关的客运发票不能用于抵扣进项税。
对于纳税人来说，需要明确区分哪些费用是用于生产经营的，哪些是属于个人消费的。只有用于生产经营的旅客运输费用才能抵扣进项税额。还需要注意，即使是与生产经营相关的费用，如果涉及到集体福利，其进项税额也是不得从销项税额中抵扣的。
员工探亲发生的交通费不属于生产经营所需，其客运发票不能抵扣进项税。企业在处理相关财务问题时，需要严格遵守税法规定，确保合规操作。
