商业连锁企业办理汇总纳税需经主管税务机关审批同意，集中在总机构进行申报纳税。总机构统一提供或审批印制发票，统一计提税款并按各分支机构的销售比例分别到分支机构所在地征收机关申报纳税。发票稽核、进销项税额审核、销售比例审定等工作由总机构所在地征收机关负责。具体办理程序请向所在地税务机关咨询。
对于统一采购、统一配送、统一核算的连锁经营商业企业，办理汇总纳税是一项重要的税务管理任务。根据相关规定，商业连锁企业在办理汇总纳税时，需要遵循一定的程序和规定。
一、总机构申报纳税的集中处理
1.分支机构的申报纳税事项需经主管税务机关审批同意后，可以集中在总机构进行。这意味着商业连锁企业不需要在每个分支机构分别进行纳税申报，而是可以在总机构统一处理。
二、发票与税款的统一管理
1.集中在总机构申报纳税的连锁商业企业所需发票（含分支机构）统一由总机构所在地征收机关提供或审批印制。这意味着商业连锁企业的发票管理将更加集中，减少了管理成本和复杂性。
2.税款（含各分支机构）由总机构统一计提，并按各分支机构的销售比例分别到分支机构所在征收机关申报纳税。这种管理方式使得税款分配更加合理，能够反映各分支机构的实际销售情况。
三、税务稽查的统一管理
1.集中在总机构申报纳税的连锁商业企业的发票稽核、进销项税额的审核、销售比例的审定等方面的工作，均由总机构所在地征收机关负责。这有助于确保税务稽查的统一性和一致性，避免不同分支机构之间的税务差异。
2.分支机构所在地征收机关仅对分支机构的销售额有查实权。这意味着分支机构在税务管理方面的职责相对较轻，主要配合总机构进行税务工作。
四、注意事项
1.在办理汇总纳税时，商业连锁企业应了解并遵循相关规定，确保合规操作。
2.具体办理程序方面的事宜，商业连锁企业应直接向主管或所在地税务机关咨询，以获取最准确的信息和指导。
办理汇总纳税对于商业连锁企业而言，能够简化税务管理程序，降低管理成本，提高税务工作的效率。在办理过程中，商业连锁企业需要了解并遵循相关规定，与税务机关保持良好的沟通，确保税务工作的顺利进行。
